在制药行业的废水处理中，预处理是一个重要的过程。每种废水的特点不尽相同，原水中含有不同种类的悬浮颗粒物、油脂、难降解的有机污染物等。充分了解废水的物理、化学、生物特性，才能设计出对应的废水处理方案。

名义上是预处理，其实也是废水处理。如果不进行预处理，整个废水处理就无法进行。使用较多的物理和化学方法包括混凝沉淀、气浮、吸附、微电解、铁碳-芬顿等，在制药废水处理的过程中，很少会单独用物理或化学方法。在使用物理方法的同时，也会有化学试剂反应；在化学氧化的时候，也会有物理方法的进行。比如，在使用混凝沉淀的时候，常用到混凝剂。在使用铁碳-芬顿的时候，常伴随有混凝沉淀使用，也有紫外线联合氧化。

制药废水具有高COD、高氨氮、高盐分、色度深、成分复杂等特点，不可能直接进行生化处理。为了满足生化处理的条件，需要将不适宜生化反应的成分降低到适宜的范围之内。这个降低的过程就是预处理，将预处理的结果控制的生化反应的范围内，联合生化处理效果更明显，成本更低。预处理的过程并非只为了生化处理，废水中含有大量的盐分、有毒物质或有机物甚至可能腐蚀管道，影响设备的使用寿命。

废水中含有大分子有机物，很难靠微生物来降解的。微生物能降解的是低浓度、小分子的有机物。因此，要将高浓度的有机物转化为低浓度的，将大分子的有机物氧化成小分子的。目标有机物的浓度是一定的，使用化学方法进行氧化，是要遵循化学反应的规律的。进行化学氧化之前，要先将废水进行混凝沉淀或气浮处理，将其中固体颗粒物、油脂、色素等分离干净。比如，芬顿氧化试剂是Fe2+、H2O2和催化剂一起反应，生成具有强氧化性的羟基离子，可以氧化掉大多数难降解的有机污染物。调节水量和水质pH参数，调节出水的pH值在8-9，同时加入混凝剂，可以实现废水悬浮物的分离。为了加强化学氧化的效果，经常会将铁碳和芬顿一起使用。